Introducción:

La detección precoz de los casos compatibles con COVID-19 y su confirmación diagnóstica son fundamentales para reducir la transmisión de la infección. La PCR en tiempo real (qRT-PCR) es el método diagnóstico de referencia, sin embargo en el contexto de esta pandemia, se desarrollaron diferentes técnicas de biología molecular para detección de casos agudos.En nuestro hospital incorporamos la amplificación isotérmica de punto final, que requiere extracción previa de ácidos nucleicos del genoma de SARS-CoV-2 (NEOKIT®) y la PCR automatizada FilmArray (Filmarray ® Biomerieux) ensayo automatizado para extracción amplificación y detección de ácidos nucleicos de SARS-CoV-2, basado en nested PCR y detección por sondas en microarrays.

Objetivos:

Establecer la sensibilidad y especificidad de NEOKIT® y Filmarray®, comparados con el estándar diagnóstico qRT-PCR en pacientes sintomáticos atendidos en un Hospital Público de Agudos de C.A.B.A.

Materiales y métodos:

Desde agosto de 2020 a marzo de 2021, se analizaron 105 muestras de hisopado nasofaríngeo de pacientes sintomáticos seleccionados al azar. Se incorporaron pacientes pediátricos y adultos (rango etario: 5 días a 89 años) y de ambos sexos (51 femeninos-54 masculinos). Cada muestra se analizó por NEOKIT®, Filmarray® y qRT-PCR.

Resultados:

Neokit vs qRT-PCR Tabla 1

La media de los ciclos umbral (CT) de qRT-PCR para muestras negativas según Neokit fue de 31.8 y para las positivas 26.2. Esta diferencia es significativa ( p ≤ 0.05 ) según t-test.

Sensibilidad de 43%, VPP del 67 % y Especificidad y VPP del 100%

Filmarray vs qRT-PCR Tabla 2

Sensibilidad del 95.9%, con VPN del 96.6 y Especificidad y VPP del 100%

Conclusiones:

La baja sensibilidad obtenida con Neokit puede deberse a que cargas virales con CT mayor a 30 marcan el límite de detección de este método. Observamos además dificultad en la lectura de punto final colorimétrica, operador dependiente. Filmarray aporta resultados comparables con qRT-PCR en corto tiempo. Sus desventajas son el alto costo y la limitación en el número de muestras que se pueden procesar simultáneamente.