Introducción:
La evaluación de las mutaciones asociadas a resistencia (MARS) es indispensable para prevenir el fallo virológico en el tratamiento del VIH con antirretrovirales. Las técnicas basadas en secuenciación de nueva generación (NGS) son superiores a las convencionales, sin embargo, podrían acumular errores debido a su alta procesividad y elevada sensibilidad. La participación en programas de controles de calidad externo (CCE) es fundamental para evaluar el correcto desempeño de la técnica.
Objetivos:
Evaluar el desempeño de una técnica NGS para detección de MARS mediante la participación en el CCE del Colegio Americano de Patólogos (CAP).
Materiales y métodos:
Se evaluaron las participaciones en el control de calidad externo HIVG del Colegio Americano de Patólogos del período 2018-2023. HIVG se compone de tres participaciones por año. Para cada una de las participaciones, se extrajeron los ácidos nucleicos con MagNaPure 96 (Roche) y se detectaron las MARS mediante una técnica basada en secuenciación NGS con diferentes filtros de sensibilidad (1%, 5%, 10% y 20%). Se definió como la mejor estimación del valor verdadero a las MARS informadas por el programa de CCE que tuvieran un consenso mayor al 70%. Se estimó el porcentaje de acuerdo en la detección de MARS por cada gen con un criterio de aceptación del 90% de acuerdo. Por último, se evaluó la reproducibilidad en las MARS que fueron detectadas en más de una oportunidad.
Resultados:
A lo largo del período de estudio se procesaron 16 participaciones de HIVG. Se detectaron 123 MARS, 72 en el gen de la transcriptasa inversa (TR), 32 en el gen de la proteasa (PR) y 19 en el gen de la integrasa (INT). No se detectaron MARS por debajo del umbral del 20% de sensibilidad. Se observaron porcentajes de acuerdo de 98.5%, 100% y 100%, para RT, PR e INT, respectivamente. De las 123 MARS detectadas, 33 fueron detectadas en más de una oportunidad. Se observó una reproducibilidad del 100% en la detección de dichas MARS.
Discusión / Conclusiones:
Los resultados obtenidos demostraron altos porcentajes de acuerdo y reproducibilidad en la detección de MARS en los genes de la transcriptasa inversa, proteasa e integrasa cuando se evaluó la técnica NGS con MARS por encima del 20% de sensibilidad. No se detectó contaminación, ni falsos positivos para MARS por debajo del umbral del 20% como se ha reportado anteriormente.
