Introducción

Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas (Kp-PC) es un desafío en salud pública por su multirresistencia y su potencial epidémico, relacionado a una gran plasticidad genómica que le permite establecerse en el ámbito hospitalario. La diseminación de Kp-PC se explica principalmente por linajes exitosos, cuya evolución es dinámica y presenta patrones clonales variables en tiempo y espacio.

Objetivo

Analizar la epidemiología genómica y la estructura poblacional de aislamientos locales de Kp- PC.

Materiales y métodos

Estudio observacional, retrospectivo y descriptivo. Se estudiaron 445 cepas de Kp-PC de 14 centros de salud (2016- 2023). Se determinó la sensibilidad antimicrobiana (Vitek2/Phoenix/difusión) y tipos de carbapenemasa (PCR: KPC, NDM, VIM, IMP, OXA). Se realizó secuenciación y análisis genómico de 68 Kp-PC (Illumina Mi-Seq y diversos softwares bioinformáticos). Para el análisis estadístico se utilizaron R, Python y GraphPad Prism 9.0.

Resultados

Las carbapenemasas fueron KPC-81% (p<0,01), NDM-16%, KPC+NDM-2% y OXA-1%. Los antibióticos no-beta-lactámicos con menor resistencia fueron fosfomicina-23%, colistín-28% y tigeciclina-34%. Se identificaron 21±4 genes de resistencia y 62±12 genes de virulencia/cepa. El análisis genómico identificó 17 secuenciotipos MLST [ST258-40% (p<0,01), ST11-19%, ST25-12%, otros-29%]. El análisis filogenético de genoma-core mostró que las cepas se agruparon de acuerdo a su ST, independientemente del año-institución, con evidencia de transmisión intra e interhospitalaria (<21 SNPs) en ST258, ST11, ST25 y ST307. Se observó la coexistencia de 4 grupos parafiléticos en ST258 (A-30%, B-11%, C-26%, y D-33%), todos presentes en múltiples instituciones. El grupo D, detectado en 6 instituciones, presentó más genes de virulencia [67 (p<0,01) vs. < 57, explicado por yersiniabactina (ybt-15) y fimbrias tipo I (fim) y III (mrk)], además de una combinación atípica de cápsula y antígeno O (KL20 y O3/O3a). A diferencia de ST258, ST11 y ST25 presentaron clados monofiléticos y por ende menor variabilidad intraclonal.

Conclusión

Kp-PC ST258 fue prevalente y presentó diversificación intraclonal, representada por la coexistencia de al menos 4 grupos parafiléticos (A-D), entre los cuales resalta el grupo D por su mayor contenido de genes de virulencia y una combinación inusual de tipo capsular y antígeno O. Estos resultados son consistentes con la existencia de un sublinaje exitoso autóctono de Kp-PC ST258.