Introducción:

GeneXpert®-Xpert Carba-R Cepheid (XCR), es una PCR multiplex automatizada en tiempo real que permite la detección, en menos de 1 hora, de las 5 carbapenemasas (CBP) más frecuentes: KPC, NDM, IMP, VIM y OXA-48-like en Enterobacterales (ETB), P. aeruginosa (PAE) y A. baumannii (ABA) a partir de hisopados rectales de vigilancia o cultivos bacterianos. En Argentina, la prevalencia de la metalo ß-lactamasa (MBL) tipo IMP es de 0,1% en ETB, mientras que en PAE el 4%, entre los aislados productores de CBP. En el género Acinetobacter, IMP solo ha sido descripta en especies distintas de ABA en el país. Las variantes de IMP reportadas en Argentina son IMP-1, IMP-8, IMP-13, IMP-16 y IMP-18, siendo IMP-8 la más frecuente en ETB.

Objetivos:

Evaluar la capacidad de XCR en la detección de variantes alélicas de blaIMP en ETB, PAE y Acinetobacter spp (ACI).

Materiales y métodos:

Se evaluó el desempeño de XCR con 12 cepas productoras de IMP procedentes del repositorio del Servicio Antimicrobianos del INEI-ANLIS Malbrán (LNR): 6 K. pneumoniae (3 KPC-2+IMP-8, 2 IMP-8 e IMP-4), 1 K. oxytoca (KPC-2+IMP-8), 4 PAE (IMP-13, IMP-16, IMP-18 e IMP-26), y 1 ACI (IMP-1). Las variantes de IMP fueron caracterizadas por PCR, secuenciación de Sanger y/o WGS. El ensayo se realizó partiendo de un cultivo puro (directo de colonia), según indicaciones del fabricante. Los resultados se compararon con los obtenidos por el fabricante, tanto in vitro como in silico. Se consideraron aceptables valores de sensibilidad (SE), especificidad (ES) y precisión (PR) >=95%.

Resultados:

XCR detectó las variantes de IMP evaluadas con SE de 44%, ES 100% y PR 85%. XCR detectó IMP-1, IMP-4 e IMP-26 pero no así las variantes IMP-8, IMP-13, IMP-16 e IMP-18 (Tabla 1). La comparación de los resultados en la detección de variantes IMP con XCR se muestra en la Tabla 2. La detección de IMP-1, IMP-4, y la no detección de IMP-13, coincidió con lo reportado por el fabricante. A pesar de que el análisis in silico predijo la detección de IMP-8 e IMP-13 éstas no fueron detectadas en ninguno de los aislados evaluados. La variante IMP-26, no ensayada por el fabricante, fue detectada en el LNR.

Discusión / Conclusiones:

El desempeño de XCR para la detección de variantes de IMP no resultó aceptable con valores de SE de 44% en la muestra evaluada. Si bien el desempeño de XCR fue satisfactorio para la detección de IMP-1, esto no fue así para otras variantes reportadas en Argentina como IMP-8, IMP-13, IMP-16 e IMP-18. Por esto, se sugiere que frente a aislamientos clínicos de bacilos Gram negativos fenotípicamente sospechosos de producción de CBP de tipo MBL y con resultado negativo frente a XCR, se evalúe la presencia de IMP con otras metodologías como inmunocromatografía (ETB y PAE) y/o PCR (ETB, PAE y ACI), particularmente en aquellos centros de salud donde la circulación de IMP es frecuente.