La vacuna Candid #1 contra la FHA se produce mediante un sistema de banco de semillas virales para garantizar su seguridad y estabilidad genética. En Argentina, la producción se ha basado en dos semillas secundarias derivadas de una semilla maestra, originando todos los lotes aprobados.

Este estudio tuvo como objetivo determinar la secuencia de genoma completo de la cepa de virus vivo atenuado de la vacuna Candid #1 mediante la metodología de secuenciación masiva para corroborar su estabilidad genética.

Se procesaron 2 lotes de semilla secundaria, 24 lotes de fluido viral a granel y 29 lotes de vacuna liofilizada (n = 55). El ARN viral fue extraído mediante columnas de sílica con el kit QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) siguiendo las recomendaciones del fabricante. La preparación de las bibliotecas se llevó a cabo utilizando el kit Illumina COVID-Seq Assay reemplazando los oligonucleótidos de SARS- COV2 por los diseñados para virus JUNIN a partir de la secuencia de la cepa vacunal Candid-1 existente en el Genbank (S: AY746353; L: AY746354). Las mismas se procesaron en la plataforma MiSeq (Illumina) mediante secuenciación de extremos emparejados (2×150 nucleótidos) y un tamaño medio de fragmento de 350 nucleótidos.

El análisis de calidad, limpieza y ensamblado de las lecturas resultantes para obtener las secuencias consenso se realizó con el software Genome Detective y con un pipeline bioinformático de desarrollo propio.

Se obtuvieron secuencias para 54 de las 55 muestras procesadas. Para el segmento S se recuperaron 3396 nucleótidos (99,6% de cobertura) y para el segmento L 7062 nucleótidos (99,3% de cobertura), siendo las secuencias de las 54 muestras 100 % idénticas entre sí en ambos segmentos.

Existen mutaciones en el gen que codifica para el precursor de las glicoproteínas en el segmento S que estarían asociadas al proceso de atenuación de la vacuna Candid #1: T168A, E186G, S206P en GP1 y F427I, T446S en GP2, fundamentalmente las mutaciones T168A (GP1) y F427I (GP2). Las 5 mutaciones mencionadas estuvieron presentes en las secuencias para el segmento genómico S obtenidas en este estudio.

Este estudio marca la primera aplicación de la tecnología de secuenciación masiva para la caracterización y monitoreo genómico de la vacuna Candid #1. La implementación de esta metodología permitirá una vigilancia genética continua del proceso de producción de la vacuna, garantizando la estabilidad genética y el mantenimiento del fenotipo atenuado a lo largo del tiempo.