Introducción:

La rápida propagación del SARS-CoV-2 ha abrumado el sistema de salud a nivel mundial. La escasez de insumos para la extracción de ácidos nucleicos representa un factor limitante clave en la capacidad de pruebas diagnósticas.

Objetivos:

Comparar los resultados de la RT-PCR del SARS-CoV-2 utilizando métodos de extracción de ácido nucleico tradicionales (extracción magnética automatizada) y no tradicionales (extracción por calor con o sin proteinasa K) en muestras nasofaríngeas.

Materiales y métodos:

Población y muestra: 35 hisopados nasofaríngeos de pacientes de casos confirmados con Covid-19 que concurrieron al Hospital durante los meses de marzo a mayo de 2021.

Tipo de diseño: El RNA de las muestras fue obtenido por extracción magnética automatizada según protocolo de rutina del laboratorio. Los remanentes de dichas muestras se utilizaron, preservando su anonimato, para la comparación y puesta a punto de los métodos no tradicionales. Para cada muestra se compararon tres métodos no tradicionales de extracción de ARN: tratar la muestra con proteinasa K a 60°C o Tamb por 10 min y luego incubar a 95 °C por 10 min (PK60 o PKTA, respectivamente); incubar a 95°C por 10 min sin pre-tratamiento con proteinasa K (SPK). El RNA de SARS-CoV-2 fue dosado por RT-PCR (método gold standard).

Variables medidas: se determinaron y compararon los Cts de los genes N, ORFab1 y RNAsaP de cada muestra obtenidos por los diferentes métodos.

Estadística-recolección de datos: Debido a que la distribución de datos resultó no paramétrica, se aplicó el test de Friedman para el análisis estadístico.

Resultados:

Las muestras extraídas por los métodos no tradicionales presentaron un 100% de concordancia con las muestras extraídas por el método automatizado. Los valores de Ct promedios obtenidos luego de la extracción por PK60, PKTA, SPK y automatizado no presentaron diferencias significativas para el gen N y ORFab1 (P > 0,05). En el caso del control interno de reacción, RNAsaP, se observó que los valores promedios de Ct obtenidos luego de extraer el ARN con métodos no convencionales resultaron mayores (P < 0,05) comparado con la extracción automatizada.

Conclusión:

Los métodos no tradicionales para la detección de SARS-CoV-2 presentaron un 100% de concordancia con los métodos tradicionales, lo cual los transforma en una alternativa económica para la extracción de ácidos nucleicos.