Introducción:

La coinfección con dos virus SARS-CoV-2 es un fenómeno poco estudiado. Si bien las metodologías de secuenciación tienen una alta sensibilidad para detectar más de una población viral dentro de una muestra, no existe un método estandarizado para su caracterización, por lo que su importancia clínica y epidemiológica es desconocida.

Objetivos:

El objetivo de nuestro trabajo fue investigar la presencia de posibles coinfecciones por SARS-CoV-2.

Materiales y métodos:

Se analizaron 1.097 secuencias de genomas completos de SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopado nasofaríngeo de personas que cursaban COVID-19 entre marzo 2020 y agosto 2021. El estudio incluyó el desarrollo y validación de VICOS, un algoritmo bioinformático que permite la identificación de variaciones de nucleótido simple intra-huésped (iSNVs) en secuencias obtenidas por la tecnología Illumina. Las relaciones entre secuencias de SARS-CoV-2 y la asignación de linajes se realizó mediante análisis filogenéticos.

Resultados:

A partir de las 1.097 secuencias, se detectaron 23 casos (2%) “candidatos” a coinfecciones. De ellos, 3 fueron entre dos virus del mismo linaje, 2 de linajes genéticos diferentes, 13 fueron compatibles tanto con coinfección como con evolución intra-huésped, y 5 habrían sido producto de contaminaciones de laboratorio.

Discusión / Conclusiones:

Mediante el uso del nuevo algoritmo bioinformático VICOS se identificó un 1.6% de coinfecciones por SARS-CoV-2. Las coinfecciones ocurrieron durante todo el período de circulación de COVID-19 en Argentina, reflejando la prevalencia relativa de linajes genéticos de SARS-CoV-2 en el momento de la toma de muestra clínica. La vigilancia viral genómica en conjunto con herramientas bioinformáticas avanzadas, proporciona datos de relevancia epidemiológica que continúan apoyando una salud pública soberana en nuestro país.