Introducción:
La variante Delta se asoció con mayor severidad y contagiosidad que las VOC anteriores y fue designada como variante de preocupación (VOC) de SARS-COV-2 el 11 de mayo de 2021. La introducción de la variante Delta en nuestro país presentó la necesidad de contar con una técnica rápida y costo efectiva en los programas de vigilancia genómica de variantes para detectar de manera temprana los primeros casos y aislarlos, con el objetivo ganar tiempo para completar los esquemas de vacunación pendientes y reducir la mortalidad por la diseminación de esta variante
Objetivos:
Implementar un protocolo para identificar de manera temprana los casos de variante Delta en hisopados nasofaríngeos con pedido de RT/PCR para SARS-COV-2.
Materiales y métodos:
Del 5 de noviembre al 30 de diciembre de 2021, se identificaron diariamente los hisopados nasofaríngeos detectables para RT/PCR de SARS-COV-2 de nuestro laboratorio (n=92) y se procesaron por RT/PCR para detección de variante Delta (RT/PCR Delta). Para dicho proceso se implementó una RT/PCR en tiempo real con sonda de hidrólisis para detección de la mutación del157-158 del gen S, presente únicamente en la variante Delta (Yaniv K. y col., MedRxiv, 2021). Las muestras detectables para RT/PCR Delta se registraron en el sistema de vigilancia genómica del MISAL como “Caso Probable Delta” y luego se confirmaron por secuenciación según el protocolo de referencia (Torres y col., Front Med, 2021).
Resultados:
84 muestras presentaron amplificación por RT/PCR Delta, las cuales se confirmaron por secuenciación sin observarse discordancias. Con el esquema implementado se logró responder en 24 hs, mientras que las técnicas de vigilancia genómica convencionales basadas en secuenciación demoran de 7 a 14 días. Desde el inicio del estudio se observó alta circulación de Delta. Desde el 8/12/21 observamos muestras no detectables para RT/PCR Delta. La secuenciación de las mismas confirmó la circulación de SARS-COV-2 variante Ómicron.
Discusión / Conclusiones:
Se implementó un procedimiento mediante el cual se detectaron casos de SARS-COV-2 variante Delta de manera temprana contribuyendo al sistema de vigilancia epidemiológica de la provincia de Santa Fe. El mismo fue capaz de alertar sobre la aparición de una nueva variante (Ómicron). Protocolos de detección de variantes basados en RT/PCR, como el utilizado en nuestro trabajo, se presentan como una alternativa a los protocolos basados en secuenciación para situaciones especiales donde se requiere dar una respuesta rápida.
