Introducción:

El uso del panel mutacional permite el monitoreo en tiempo real (dentro de las 24 hs de ingresada la muestra) de las variantes circulantes con fines epidemiológicos. Este ensayo ofrece la posibilidad de rapidez y sencillez en la obtención del resultado a diferencia de la secuenciación.

Objetivos:

Monitorear la circulación de variantes de SARS-CoV-2 (VAR) mediante el uso de un panel mutacional (PM) en la Unidad Febril de Urgencia (UFU).

Materiales y Métodos:

El PM fue previamente validado y con el fin de asegurar la detección de la variante Omicron y subvariantes, se analizaron 22 Omicron BA.1, 5 BA.2, 1 BA.2.12.1 y 1 BA.5 utilizando hisopados nasofaríngeos (HNF) diagnosticados y caracterizados por secuenciación en el INEI-ANLIS Malbrán. El monitoreo de VAR fue realizado durante las semanas epidemiológicas (SE) 14 a 25 (03/04 al 25/06/2022). El total de HNF estudiados fue 6202, de los cuales 490 (7.9%) resultaron positivos y fueron estudiados para VAR 327/490 (66.7%). Se utilizó el ensayo de TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems, Thermo Fisher) que permitió caracterizar Delta y Omicron BA.1. BA.2, BA.2.12.1 y BA.4/BA.5 no pudiendo ser diferenciadas estas dos últimas subvariantes con el panel disponible. Las posiciones estudiadas fueron deleción 69-70, K417N, L452Q, L452R, T478K, empleando diferentes algoritmos.

Resultados:

La concordancia entre la secuenciación y la detección por PM resultó del 100%. De las 327 muestras estudiadas para VAR el 61.5% resultaron BA.2, 19.3% BA.1, 10.7% BA.2.12.1 y 6.1% BA.4/BA.5. Dos muestras (0.6%) no pudieron ser tipificadas con los algoritmos utilizados. Omicron BA.2 se encontró en todo el periodo llegando a representar el 78% de las variantes en la SE22, mientras que, BA.1 se encontró entre las SE14 a SE24 representando el 75% en la SE14. BA.2.12.1 se detectó a partir de la SE20 (12.5%) y hasta la SE25 (17.6%). Las variantes BA.4/BA.5 se detectaron a partir de la SE21 (2%) llegando al 29.4% en SE25. Delta no fue detectada en todo el periodo analizado.

Discusión / Conclusiones:

En todo el periodo analizado la variante predominante fue BA.2, alcanzado desde la SE18 hasta la SE22 porcentajes superiores al 70%. BA.1 siguió circulando en niveles muy bajos y a partir de la SE24 comenzó a aumentar BA4/BA5 pasando a representar más del 20 % de las variantes circulantes.