Introducción:

Achromobacter spp. son patógenos oportunistas en especial en pacientes con enfermedades subyacentes. La identificación a nivel de especie es compleja y requiere el empleo de técnicas moleculares. Son resistentes a una amplia gama de antimicrobianos; sin embargo, el conocimiento sobre los mecanismos de resistencia asociados es limitado.

Objetivos:

Evaluar la presencia de diferentes determinantes de resistencia en Achromobacter genogrupo 20 productor de un brote nosocomial en CABA, Argentina.

Materiales y Métodos:

El aislamiento fue identificado mediante el análisis de nrdA y MLST. La sensibilidad a antimicrobianos se realizó de acuerdo a las recomendaciones del CLSI 2023. NGS se realizó mediante NextSeq500 con PE de 150 pb y se efectuó el ensamblado de novo utilizando Unicycler (Galaxy). Se utilizaron el servidor RAST y el software BLAST para predecir y confirmar todas las secuencias codificantes. La presencia de determinantes de resistencia se evaluó mediante Resfinder, CARD y curación manual; y la identificación de elementos genéticos móviles se realizó utilizando las bases de datos ISFinder, PlasmidFinder y PHASTER. Se realizó el análisis filogenético de la nueva variante de OXA con otras descriptas como marcadores específicos de especie en Achromobacter.

Resultados:

Achromobacter genogrupo 20 ST365 presentó resistencia a cefalosporinas de 3era y 4ta generación, aminoglucósidos y fluoroquinolonas. En el genoma se encontraron secuencias codificantes de: 3 ß-lactamasas “putativas”, 32 genes de bombas de eflujo, 2 enzimas modificadoras de aminoglucósidos, sustituciones en parC y parE (según Furlan et al. 2018 y Magallon et al. 2021), y una dihidropteroato sintasa. Se detectaron secuencias completas de 4 bombas de eflujo RND (AxyABM, AxyXY-OprZ, Axy EF-OprN y un homólogo a mexCD-OprJ de P. aeruginosa). Se detectaron 14 genes codificantes de proteínas putativas de membrana externa. No se encontraron genes homólogos a OprD de P. aeruginosa. Se encontraron IS pertenecientes a las familias IS3, Tn3, ISL3, IS66, IS5, IS110. Se identificaron 9 regiones de profagos, de las cuales 5 se encuentran intactas. No se detectaron plásmidos. Los 3 ORF de ß-lactamasas correspondieron a: una nueva variante de blaOXA (69% de identidad con OXA-114 de A. xylosoxidans); y dos nuevas ß-lactamasas putativas de clase C. Por análisis in silico, esta nueva variante solo se detectó en un depósito de Achromobacter genogrupo 20 y no en otras especies.

Discusión / Conclusiones:

La resistencia a los antibióticos en Achromobacter genogrupo 20 parece ser multifactorial, involucrando varias bombas de eflujo y enzimas, así como su regulación. Se encontraron numerosos marcadores de resistencia que requieren estudios adicionales para evaluar su contribución al perfil de resistencia. Detectamos una nueva variante de OXA constituyendo un posible marcador específico de especie que podría ser útil en la identificación.