Introducción:

Durante la pandemia de la Covid-19 se desarrollaron gran variedades de métodos diagnóstico para detectar el virus SARS-CoV-2. La rt-PCR en tiempo real fue considerada el standard de oro para evaluar las distintas muestras provenientes de pacientes posiblemente infectados o en testeos generales poblacionales. Mucho se dijo sobre si las distintas variantes del virus eran mas o menos agresivas o si producían una mayor o menor carga viral en las personas hospederas. El valor de Ct (threshold cycle) es el ciclo de la PCR en el que la curva de amplificación supera el valor umbral de detección fluorescente. Se sabe que el Ct guarda relación inversa con la carga viral de las muestras, por lo tanto, se puede inferir si la persona infectada elimina mayor o menor virus que otra teniendo en cuenta el Ct. Esto es siempre y cuando las variables preanalíticas desde la toma de muestra hasta el análisis sean iguales entre las muestras.

Objetivos:

Evaluar si los Ct de las PCR para detección de SARS-CoV-2 son estadísticamente distintos entre momentos distintos de la pandemia de Covid-19, teniendo en cuenta las variantes del virus circulantes al momento de las toma de muestra.

Materiales y Métodos:

Se realizó un estudio retrospectivo y observacional de 5794 rt-PCR en tiempo real positivas para el gen N de SARS-CoV-2, detectadas en los periodos junio-julio de 2021 (n=1279), noviembre de 2021 (n=548) y enero-febrero de 2022 (n=3967). Se utilizó la prueba de t de Student para decidir si las medias de los Ct del gen N de los distintos periodos son significativamente distintas.

Resultados:

La media del Ct para el gen N del periodo junio-julio de 2021 (A) fue de 30,31 y SD 7,33; para el periodo noviembre de 2021 (B) la media fue de 35,70 y SD 5,25 y para el periodo enero-febrero de 2022 (C) la media fue de 28,84 y SD 6,03. El valor t entre los periodos A y B = -15,59; A y C = 7,18 y B y C = 25,4 todos con un IC >95%.

Discusión / Conclusiones:

Teniendo en cuenta los resultados estadísticos obtenidos podemos concluir que las medias de Ct para el gen N del SARS-CoV-2 detectado por rt-PCR en tiempo real fueron significativamente distintas entre los periodos evaluados. Se eligieron los mismos por ser los de mayor circulación de las distintas variantes de Covid-19, siendo para los periodos junio-julio de 2021 variante Gamma (P.1) con circulación de 50-70% y Ct promedio de 30,31; noviembre de 2021 variante Delta (B.1.617.2) con circulación >95% y Ct promedio de 35,70; periodo enero-febrero de 2022 variante Omicron (B.1.1.529) con circulación >80% y Ct promedio de 28,84. Omicron fue la variante que menores Ct arrojó por lo que se esperaría que las muestras hayan tenido mayor carga viral.