Introducción:

La vigilancia de variantes de preocupación de SARS-CoV-2 (VOC) ha sido de suma importancia para la toma de decisión de políticas de salud pública a lo largo de la pandemia. La metodología de referencia (MR) para identificar variantes es la secuenciación parcial del gen S. La misma cuenta con alta resolución, pero podría ser lenta y laboriosa en escenarios de alta demanda. Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay (VI) y Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay (VII) son dos ensayos que permiten identificar variantes de SARS-CoV-2 mediante la detección de mutaciones marcadoras por RT/PCR en tiempo real de manera rápida y costo efectiva.

Objetivos:

Validar Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay y Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay en hisopados nasofaríngeos contra la metodología de referencia.

Materiales y métodos:

Se utilizaron 264 muestras de ARN provenientes de hisopados nasofaríngeos de pacientes con RT/PCR detectable para SARS-CoV-2, tomados durante la segunda ola de COVID-19 en Argentina. Las muestras se encontraban almacenadas en nuestro laboratorio como controles y habían sido estudiadas previamente para VOC por MR (Torres y col, Front Med, 2021). Cada muestra de ARN se procesó con VI y VII en CFX96 (Biorad). Ambos ensayos basados en RT/PCR multiplex en tiempo real detectan mutaciones del gen S en diferentes canales de fluorescencia. VI detecta las mutaciones E484K, N501Y, del69/70, y el gen RdRp como control de presencia de ARN viral. VII detecta las mutaciones L452R, W152C, K417T y K417N. A partir del perfil de mutaciones obtenido con VI y VII se asignó la VOC correspondiente (Alpha: del69/70 y N501Y, Beta: K417N, E484K, N501Y, Gamma: K417T, E484K y N501Y, Delta: L452R y Epsilon: L452R y W152C) y luego se realizó una comparación con los resultados obtenidos por MR.

Resultados:

Se observó un 100% de concordancia entre las mutaciones detectadas por VI y VII, y las obtenidas previamente por MR. A partir de las mutaciones obtenidas en VI y VII se asignó la VOC correspondiente en 209 muestras (14 Alpha, 169 Gamma, 24 Delta, 2 Epsilon), observándose 100% de coincidencia con la VOC asignada por MR. A su vez, VI y VII no asignó VOC a 55 muestras que habían sido previamente asignadas también como noVOC por MR (32 Lambda y 23 no definidas). VI detectó RdRp en el 100% de las muestras (264). El tiempo de proceso para 46 muestras fue de 3.5 horas.

Discusión / Conclusiones:

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay y Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay mostraron excelente especificidad y sensibilidad cuando se los comparó con la metodología de referencia para detectar las mutaciones asociadas a VOC Alpha, Gamma, Delta y Epsilon.