Introducción:

Desde fines de 2019, la emergencia del coronavirus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad COVID-19, ha puesto al mundo en situación de pandemia. Tanto el diagnóstico molecular como la caracterización genética de los genomas virales permitieron describir la epidemiología en las distintas regiones del mundo y su dinámica evolutiva.

Objetivos:

Detectar SARS-CoV-2 en pacientes de una Región Sanitaria de Buenos Aires, de marzo de 2020 a diciembre de 2021, y describir los linajes y variantes circulantes.

Materiales y Métodos:

A partir de muestras respiratorias (hisopados o aspirados nasofaríngeos) de pacientes hospitalizados o ambulatorios con infección respiratoria aguda, se extrajo el material genético viral con columnas comerciales y se realizó el diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-qPCR. Se seleccionaron muestras positivas con Ct menor a 30, representativas del período, y se obtuvo la secuencia del genoma completo o la región parcial de la proteína Spike, en el marco del Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 (PAIS) o en el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas -Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (INEI-ANLIS) Dr. Malbrán. Las secuencias se analizaron para determinar los linajes/ variantes virales (Pangolin, IQTree) que circulan en la región. El proyecto fue aprobado por el Comité de Ética Institucional.

Resultados:

En el año 2020 se detectó SARS-CoV-2 en 22603 de 60401(37,4%) muestras respiratorias estudiadas, mientras que, en 2021, 19148 positivos de 60020 (31,9%). Se secuenciaron 377 genomas virales. Durante la primera ola en 2020 predominó el linaje B.1.499 (72%), mientras que en el rebrote de verano de 2021 N.5 (66%) fue la más prevalente. Durante la segunda ola en 2021, los más frecuentes fueron GAMMA (P.1) (69%) y LAMBDA (C.37) (17%) en cocirculación con otros linajes minoritarios hasta octubre, debido a la circulación de DELTA desde noviembre, desplazando al resto de las variantes hasta representar el 74%. La variante con mayor diversidad fue DELTA, detectándose más de 10 sublinajes en circulación en los dos últimos meses de estudio.

Discusión / Conclusiones:

El estudio contribuye al conocimiento de la epidemiología de SARS-CoV-2 durante los dos primeros años de pandemia, incluyendo su evolución en la región, al detectarse linajes y variantes virales reportados en el resto del país, evidenciando cadenas de transmisión intralinajes.