Introducción:

A fines de 2020 se conocieron las primeras variantes de preocupación (VOC) de SARS-CoV-2. Las VOC tomaron relevancia por ser capaces de modificar el curso de la pandemia en diferentes poblaciones. Desde entonces, los programas de vigilancia genómica son importantes, ya que permiten monitorear las variantes circulantes contribuyendo a la toma de decisión de las diferentes políticas de salud pública.

Objetivos:

Implementar un programa de vigilancia genómica para contribuir con la detección y monitoreo de variantes de SARS-CoV-2 con transmisión comunitaria en Rosario y alrededores.

Materiales y métodos:

Se presentan los resultados de vigilancia genómica de variantes por semana epidemiológica (SE) obtenidos en el período SE20/2021-SE20/2022. Se incluyeron al menos 5% de las muestras detectables para RT/PCR de SARS-CoV-2 en hisopado nasofaríngeo (con Ct<25), de pacientes de la ciudad de Rosario y alrededores, sin antecedente de viaje al exterior. Se utilizó el protocolo previamente publicado por Proyecto PAIS basado en secuenciación parcial del gen que codifica la proteína Spyke (S), que permite identificar simultáneamente las diferentes variantes a partir de sus mutaciones marcadoras.

Resultados:

Se procesaron 632 muestras. Se detectaron las variantes Alpha (15), Gamma (344), Épsilon (1), C.36.3 (1), Delta (64) y Ómicron (BA.1 (125), BA.2 (32) y BA.2.12.1 (1)). Al inicio del estudio, en medio de la segunda ola de COVID-19 en Argentina, detectamos las variantes Gamma, Alpha, Lambda y Epsilon. La variante Delta se detectó por primera vez en SE35/2021 y se estableció como variante mayoritaria en SE41/2021. La variante Ómicron (BA.1) se observó por primera vez en SE51/2021, hacia los inicios de la 3er ola de COVID-19, convirtiéndose rápidamente en la variante mayoritaria en SE52/2021. Luego, fue reemplazada en SE14/2022 por Ómicron BA.2, detectada por primera vez en SE08/2021. Por último, en SE20/2022 se detectó la primera variante Ómicron sublinaje BA.2.12.1. Los resultados se registraron en el sistema de vigilancia genómica del Ministerio de Salud de la Nación y forman parte de los reportes de Proyecto PAIS. Los casos que marcaron la introducción de nuevas VOC en la región se comunicaron oportunamente a la dirección de epidemiologia de la Provincia de Santa Fe.

Discusión / Conclusiones:

El programa implementado permitió monitorear la dinámica e introducción de las diferentes variantes en nuestra región, contribuyendo al sistema de vigilancia genómica nacional.