Introducción:
Desde la emergencia de SARS-CoV-2, el Laboratorio Nacional de Referencia de Enfermedades Respiratorias Virales (LNR) del Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas, en colaboración con la Unidad Operativa Centro Nacional de Genómica y Bioinformática, ambos pertenecientes a la ANLIS “Dr. Carlos G. Malbrán”, participa de la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 del Ministerio de Salud. El objetivo es detectar de manera precoz el surgimiento de nuevas variantes, sus linajes y sublinajes, e implementar medidas para reducir su transmisión y mortalidad. Actualmente, la OMS monitorea 2 variantes de interés (VOI): XBB.1.5 y XBB.1.16; y 6 variantes, y sus linajes descendientes, se encuentran bajo seguimiento (VUM): BA.2.75, CH.1.1, XBB, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2 y XBB.2.3.
Objetivos:
Describir las características de las variantes, linajes y sublinajes circulantes de SARS-CoV-2 en Argentina durante el período 2022 – 2023.
Materiales y métodos:
Este estudio se realizó a partir de muestras respiratorias (HNF, HN, HF) con diagnóstico de SARS-CoV-2 detectadas por RT-qPCR (valor de CT menor o igual a 28), recolectadas a partir de pacientes pediátricos y adultos, ambulatorios e internados, recibidas en el LNR provenientes de distintas jurisdicciones del país. La secuenciación del genoma completo se llevó a cabo en un NovaSeq® 6000 de Illumina® siguiendo un protocolo adaptado de CovidSeq® (Illumina®). Los resultados obtenidos se notificaron en el SNVS 2.0 y las secuencias generadas se depositaron en la base de datos GISAID.
Resultados:
Durante el período de estudio, se obtuvieron 7.281 secuencias a partir de 8.610 muestras recibidas (85%). La distribución de los linajes por semana epidemiológica (SE) se observa en el gráfico. El * indica la inclusión de linajes descendientes. Desde el comienzo de su circulación, la VOI XBB.1.5 representa un 55.55% del total de las XXB*. Las VUM XBB, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2 y XBB.2.3 han mostrado tendencias crecientes en las últimas SE mientras que el resto de las VUM muestran tendencias decrecientes.
Discusión / Conclusiones:
Desde el 2022, en Argentina, se observa una circulación exclusiva de la variante Ómicron. Durante el 1° trimestre de 2023, BQ.1 y sus linajes descendientes fueron predominantes, pero luego fueron desplazados de forma gradual por XBB y sus linajes descendientes. Es importante destacar que el monitoreo de las variantes circulantes de SARS-CoV-2 es de suma importancia para detectar de forma oportuna cambios que puedan tener impacto en la salud pública.
